Причины эти разнообразны. Прежде всего, влияние климата; климат — комплекс различных явлений, как то: температуры, влажности явлений, как то: температуры, влажности воздуха, количества дождевых осадков, количества солнечных лучей и т. п., и трудно решить какая часть в наблюдаемом результате процесса изменения выпадает на долю действия каждого фактора в отдельности из перечисленных. Если, например семена, проросшие в низко расположенных долинах, сеют в горах, то вырастающие растения во многом отличаются от родительского организма, давшего семя: размеры растения и его частей меньше, а окраска интенсивнее. Однако эти изменения не наследственны; при сборе семян с растения в горах и при посеве их снова в равнине взошедшие растения представляют те же особенности, как все их родичи, не удалявшиеся из этой местности.
Волосяной покров животных часто находится в зависимости от климата: в Ангоре в Турции не только козы, но и кошки и пастушьи собаки имеют шерсть в виде руна. На различные, хотя и родственные формы животного царства климат влияет иногда весьма не одинаково, например, на некоторые породы охотничьих собак, перевезенных в Индию из Европы.
У многих бабочек в году встречаются два различные поколения: зимнее, выходящее из перезимовавших куколок, и отличающееся от зимнего — летнее, развивающееся из яичек зимних форм. Но из куколок зимней формы, при естественных условиях, развивающихся в летнюю, можно получать вместо последней зимнюю же, подвергая куколки действию искусственного холода; и наоборот, летние формы можно получить из куколок, дающих в природе зимнюю форму, если действовать на куколки нагреванием. Пища также оказывает влияние на окраску перьев и шерсти животных.
Изменения организации животного могут явиться также в результате стремления животного к приспособлению в новых условиях жизни, например, при переходе к новому образу жизни. Есть несколько групп водных позвоночных животных, которые считаются происшедшими от наземных четвероногих, таковы: из пресмыкающихся — ихтиозавры, плезиозавры, мозазавры, из млекопитающих — китообразные, ластоногие. Переход от жизни на суше к плаванию в открытом море происходил с постепенностью: сначала животные должны были стать плев дамп в прибрежной полосе, не теряя еще способности вылезать на сушу, затем последняя способность в некоторых случаях утрачивалась, но всегда приобреталась, способность более совершенного плавания в открытом море. При этом животное совершает более энергичные плавательные движения, главнейшие хвостом, на котором зачастую образуется плавник. Энергичные движения хвоста и туловища, по крайней мере, в задней части последнего, влезут за собою изменение сочленений ребер с позвонками в смысле большей легко подвижности; сочленение, так сказать, выформовывается этими движениями. Отправления органов, функции их во многих случаях, следовательно, определяют их строение.
Вопрос о происхождении индивидуальных уклонений, о причинах изменения организации стал разрабатываться уже после Дарвина, причем особенно занимается им школа ламаркистов, уделяющих, подобно Ламарку, французскому предшественнику Дарвина в области эволюции, большое внимание отношениям между функцией и формой.
С другой стороны, причиной изменений является половое размножение, при котором каждый из соединяющихся для производства потомства индивидуумов привносит в потомство новые зачатки организмов. Каковы эти зачатки и как определяется ими организация, изучает наука генетику.
При изучении причины изменения особенностей организации надо еще иметь в виду, что в организме все части тела образуют вместе единое целое; действие органов согласовано, — одни находятся в зависимости от других.
Тем, что передние конечности птиц преобразованы в крылья и устранены от поддерживания тела, когда птица не летает, создается целый ряд изменений организации: задние конечности одни выдерживают тяжесть тела при движении по земле,— при этом возникает укрепление места сочленения ног с туловищем. Кроме того тазовая область укрепляется срастанием крестцовых позвонков между собою и тазом; клюв заменяет хватательные конечности, и шея очень подвижна, сочленение позвонков соответственно подвижное, вогнуто-выпуклое, число шейных позвонков увеличивается; там, где ноги длинны, например у аиста, страуса, естественно длинна и шея, причем клюз легче достигает до земли. Таким образом, изменение единичной части тела повлечет за собою и изменение других частей. Говорят при этом, что органы тела находятся между собою в соотношении, в корреляции, и одновременные, в связи находящиеся изменения органов называют коррелятивными.
Принцип соотношения признаков, установленный Кювье, дал ему возможность произвести ряд блестящих открытий, когда он, как говорилось (между прочим, и им самим), по одной кости восстанавливал образ целого ископаемого животного. Это говорилось со значительным преувеличением и вело иногда к большим ошибкам, но принцип корреляции дает возможность, исходя из знания одного или лишь немногих органов ископаемого животного, делать заключения о форме и свойствах органов этого животного, еще остающихся неизвестными. Если, например, от ископаемого вида известны только передние конечности, имеющие тип конечностей для бегания, то по принципу соотношения органов мы вправе делать предположение, что неизвестные нам еще задние ноги были тоже бегающими, так как невозможно, чтобы они были в этом случае, например, плавательными ластами или роющего типа ногами. Точно так же черепу ископаемого животного, имеющему характер черепа хищных, может соответствовать нижняя челюсть только такого же типа. Именно для палеонтолога, находящего обыкновенно не цельные скелеты, а смешение разрозненных костей, принадлежащих иногда многим индивидуумам, притом различных родов, принцип соотношения дает основания разобраться в этом смешении.
Не всегда формы производные связаны непрерывным рядом переходов с формами первичными; развитие происходит иногда скачками, сразу появляются индивидуумы, сильно отличающиеся по одному или нескольким признакам от произведших их форм. Примеры имеются как в царстве растений, так и в царстве животных. Так в 1791 г. возникла порода овец с короткими кривыми ногами и длинной спиной, наподобие таксы,— обособилась порода так называемых анконских овец.