С особой прочностью пергамента и с его способностью глубоко впитывать чернила и краски связано интересное явление в истории письменности — палимпсесты (греч.). Так называются книги или фрагменты, исписанные вторично по счищенному тексту. Их первоначальный («нижний») текст чаще всего был растворен молоком или какой-либо смесью, куда входило молоко, реже выскоблен ножом или счищен пемзой. В результате пергамент становился вновь чистым и на нем можно было писать заново. Но это была обманчивая чистота. Чернила глубоко проникают в кожу и химически ее изменяют. Поэтому через некоторое время очертания первого текста начинали проступать более или менее отчетливо; они лучше видны на полях, хуже — под вторым («верхним») текстом.
Уже в XVII в. пробудился интерес ученых к палимпсестам, точнее к нижним их текстам. В XIX в. их пытались «оживлять» различными способами, к сожалению, чаще всего путем нанесения химических реактивов. Последние на короткий срок делали старые письмена более отчетливыми, но затем пергамент темнел и становился нечитаемым. В настоящее время нет нужды прибегать к таким способам обработки палимпсестов. Хорошие результаты дает фотографирование с помощью люминесценции; оно позволяет выявлять плохо видимые и даже невидимые тексты. Но и сейчас чтение палимпсестов представляет большие трудности, в особенности если нижний текст полностью покрыт верхним.
Своим возникновением они обязаны нехватке пергамента, о которой уже шла речь. Характерно, что наибольшее число палимпсестов представляет собой рукописи, нижний текст которых датируется V—VII вв., а верхний — VII—IX вв., т. е. первыми веками после полного исчезновения папируса. Они были написаны главным образом в крупных мастерских письма Северной Италии (Боббио, Верона) и Северной Франции (Луксей), где потребность в писчем материале была наибольшей. Материалом для палимпсестов лишь в редких случаях являлись целые рукописи; в подавляющем большинстве это были фрагменты. Часто листы из старых больших кодексов обрезали, чтобы подогнать их под меньший формат новой рукописи; при этом нередко отрезались значительные куски прежнего текста.
Список всех сохранившихся палимпсестов, нижний текст которых не моложе VIII в., насчитывает более 130 кодексов и фрагментов, для которых были использованы листы из 234 рукописей (Lowe — Codices rescripti). По своему содержанию представляют очень пеструю картину. Господствовавшее раньше мнение о том, что палимпсесты возникли в результате стремления христиан уничтожить «языческие» тексты античности, не подтвердилось. Гораздо чаще смывались христианские, а не античные тексты, а если порой христианский текст наносился на смытый текст античных авторов, то и, наоборот, имеются палимпсесты того же периода, в которых античные тексты написаны по смытой библии.
Детальное изучение показывает, что для нанесения второго текста чаще всего использовались рукописи, текст которых вышел из употребления. Например, уничтожался более древний латинский перевод библии («Итала»), чтобы очистить место для нового перевода («Вульгаты»). Старые литургические книги таким же путем приспосабливались для нанесения нового текста церковных служб, старый сборник римских законов — Кодекс Феодосия (V в.) — для текста нового Кодекса Юстиниана (VI в.). Для палимпсестов употреблялись также рукописи на греческом, еврейском, арабском языках, непонятных в странах Западной Европы. Сочинения отцов церкви IV—V вв. смывались для грамматик и произведений писателей VII—VIII вв. (Исидора Севильского, Беды Почтенного и др.). Иногда при наличии двух рукописей с одинаковым текстом (например, двух библий, двух одинаковых литургических книг и т. д.) одна из них употреблялась для написания иного произведения.
В других случаях для нанесения нового текста использовались античные рукописи после того, как их текст, исполненный крупным письмом — унциалом, был переписан в VIII—IX вв. более экономным мелким письмом. Некоторые палимпсесты имеют в своем составе 10 и более фрагментов с нижним текстом (характерно, что среди них античные тексты перемежаются с христианскими). Это объясняется тем, что иногда писчим материалом служили отдельные листы разных обветшавших или попорченных рукописей.
Наибольшую ценность имеют те, в нижнем письме которых сохранился единственный дошедший до нас экземпляр (или фрагмент) важного для науки произведения. К числу таких относится сочинение Цицерона «О республике» и отрывки из других классических авторов.